正在調(diào)查墜落在太平洋上的不明飛行物體的海上自衛(wèi)隊二尉有動貴文(大澄賢也),遇到了突然出現(xiàn)的藍光,受發(fā)光體的影響,導(dǎo)致遺傳因子標(biāo)準(zhǔn)的變質(zhì),變成了兇惡的怪獸THEONE。之后,他(THEONE)從防衛(wèi)廳內(nèi)的特殊機關(guān)BCST(對生物工程學(xué)的研究機關(guān))的監(jiān)視下逃走,從此就沒了音訓(xùn)?! ×硪环矫?,航空自衛(wèi)隊F15J飛行員真木舜一(別所哲也),為了多點時間陪伴患有先天性疾病的兒子繼夢決定辭去官職。在最后一次飛行中真木與“紅色發(fā)光體”在空中相遇。這是theone事件后3個月發(fā)生的事情。但是真木奇跡般地生還,然后轉(zhuǎn)職成為了民航機飛行員,展開了新生活。對這樣的真木還是有機關(guān)非常關(guān)注,尤其是BCST中的化學(xué)擔(dān)當(dāng)官水原沙羅,BCST將真木強制帶走,在廢工廠中搭建的BCST研究室進行身體上的監(jiān)視。此時行蹤不明的怪獸THEONE像被某種東西吸引而回來了。遭受THEON..eee