在旅行的列車上,美雪(鈴木杏 飾)再次邂逅了金田一(松本潤(rùn) 飾),并追隨于他。同伴用手中的DV記錄著發(fā)生的一切。某夜,一個(gè)木偶團(tuán)長(zhǎng)不幸被害。案發(fā)后,警探發(fā)現(xiàn)他原本在車廂里的尸體不翼而飛,于是引起了一陣騷亂。探長(zhǎng)決定在一家酒店暫時(shí)住下,找尋犯罪嫌疑人,金田一等人也一同前往。后來(lái),根據(jù)案情,嫌疑人被鎖定在木偶團(tuán)體成員之中,探長(zhǎng)想通過(guò)體重以縮小搜查范圍。但是,一個(gè)女成員的意外死亡,卻讓金田一發(fā)現(xiàn)了隱藏的秘密,并由此揭開了一樁塵封多年的舊案真相…… 本片根據(jù)天樹征丸的漫畫改編,除上述特別版魔術(shù)列車殺人事件外,還包括以下6個(gè)事件,分別為幽靈客船殺人事件、法蘭西銀幣殺人事件、黑死蝶殺人事件、速水玲香誘拐殺人事件、魔術(shù)的森殺人事件和露西亞人形殺人事件?!?