一艘巨大的外星無人探測器向地球航來,它不斷地發(fā)出奇特的電波信號:功率強大的信號煮沸了海水,干擾了附近的星艦并造成了廣泛的破eee。此時,詹姆斯·柯克中將與他的船員們在完成了讓斯波克上校復活的任務后,駕駛著從克林貢人那搶來的猛禽艦(被改名為“賞金號”)從瓦肯星返航,盡管他們已經(jīng)知道了將面臨軍事法庭的指控:他們被指控盜竊了聯(lián)邦星艦進取號,并對她的毀壞負有責任。在此關頭,尚在恢復中的斯波克發(fā)現(xiàn)這艘外星探測器正嘗試與地球上的座頭鯨建立聯(lián)系;但不幸的是,早在3個世紀前座頭鯨就因過度的捕獵而滅絕了。